El film no se basará en una trama en concreto de los juegos publicados, sino que contará la historia de Callum Lynch, un asesino del presente que usa la máquina abstergo para revivir las memorias genéticas de Aguilar, un ancestro del siglo XV que combatió en España contra la despótica Santa Inquisición.
La historia por lo tanto será implementada en el universo de la franquicia, aunque nadie sabe si Ezio o compañía harán alguna visita sorpresa, o la película contará su propio hilo con sus propios personajes. La actriz francesa Marion Cotillard (Edith Piaf, Taxi, The Dark Knight Rises), será la protagonista femenina. 20th Century Fox ha fijado el estreno para el 21 de diciembre de 2016.